L'histoire se déroule à notre époque et, fait original, en France dans une ville de Paris un peu idéalisée. Tout commence donc à Paris, Mireille Bouquet est une jolie jeune femme mais aussi une tueuse à gages très efficace et réputée dans le milieu. Un jour, elle reçoit un e-mail d'une lycéenne japonaise : Kirika Yuumura. Cette dernière lui propose de venir "faire un pèlerinage dans le passé". La jeune parisienne n'y aurait porté aucune attention si le mail n'avait pas contenu une mélodie qui semble raviver en elle des souvenirs douloureux de sa jeunesse. Dès leur première rencontre, elles sont attaquées par un groupe d'hommes armés à la poursuite de Kirika. C'est ainsi que Mireille découvre les talents de tueuse de la jeune fille.
Après leur premier combat en duo, Kirika explique à Mireille l'objet de sa venue : Kirika s'est réveillée il y a quelques temps dans une maison sans aucun souvenir de son passé. Elle ne sait que deux choses : elle est 'Noir' et le nom de Mireille Bouquet, tueuse réputée dans le métier. Les seuls indices de son passé sont une carte d'identité (certainement fausse) au nom de Kirika Yuumura, un pistolet et une montre à gousset qui émet une mélodie quand on l'ouvre. Et c'est justement cette mélodie qui a fait venir Mireille jusqu'au Japon. Les deux femmes s'associent alors avec une promesse acceptée par Kirika : Mireille la tuera quand toutes les deux auront éclairci les mystères autour de leur passé.
Elles s'associent donc sous le nom de code 'Noir'. Mais il ne s'agit pas d'un simple nom : 'Noir' symbolise une lignée d'assassin qui remonte jusqu'au Moyen-Age. Par ailleurs, cette résurrection de 'Noir' ne semble pas plaire à une organisation secrète du nom de 'SOLDATS'. Cette organisation est encore plus ancienne que 'Noir' et elle à réussi à s'intégrer dans les plus hauts rangs de la société actuelle. 'SOLDATS' dirige le monde en sous-main, "SOLDATS est le monde". Celle-ci va essayer à plusieurs reprise d'éliminer le duo 'Noir'. Mais au fil du temps, Mireille et Kirika vont découvrir les relations filiales qui existent entre 'Noir' et 'SOLDATS'. La quête des clés de leur passé, truffée des pièges de 'SOLDATS', va emmener Mireille et Kirika à se sortir de situations toujours plus dangereuses les unes que les autres.
En parallèle, tout va encore se complexifier avec l'arrivée de Chloé, tueuse à gages froide et redoutable à la solde de 'SOLDATS'. Chloé revendique le titre de " vraie Noir " à Kirika et Mireille. Ce qui va encore plus déstabiliser les deux héroïnes, c'est que Chloé plutôt que de les affronter va même leur venir en aide à plusieurs reprises. Par ailleurs, derrière Chloé se cache un personnage haut placé dans la hiérarchie de 'SOLDATS' : Altena. C'est elle qui donne ses ordres à Chloé et elle semble en savoir long aussi bien sur Kirika que sur Mireille.
Mireille et Kirika devront donc découvrir les secrets de leurs passés respectifs qui semblent étroitement liés aussi bien à 'Noir' qu'à 'SOLDATS'